自张居正死后，朱翊钧开始通过向各地徵收矿税银的方式，增加内库的内帑 。在此以前，内库主要收入为金花银，即依靠南直隶地区的田赋 。不过内库所有收支最终仍由户部负责，并对皇帝的使用进行严格的干预和管理 。矿税银除补贴内帑用于宫廷膳食以外，更多则用于国家开支，尤其是边镇用钱 。如万曆二十年（1592）十一月初四日，甘肃巡抚田乐上疏，因河西地区边疆用兵需数十万钱粮，请拨内帑，朱翊钧批覆同意 。万曆二十七年（1599）十二月十二日，户部因京师库银减少，边饷告急，请神宗拨内帑，朱翊钧虽然责怪户部未提前做好库银储备，并且不要因为有内帑而有恃无恐，但仍迅速拨发内府库银救急 。万曆三十一年（1603）四月，户部更是因北部边疆兵饷告急，请拨内帑百万两，朱翊钧最顾及边情，所以同意照数拨用 。
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明神宗 另外，含矿税银的内帑也用于国家救灾，如万曆二十二年（1594）三月初九日，因河南饑荒，拨内帑三万三千两用于赈灾 。文化改革学校
学校为养士基地，“人才所系” 。为了培养新的人才，万曆二年（1574），神宗命令吏部严格选用提学官 。次年三月，张居正进呈《请申旧章饬学政以振兴人才疏》，提出选用提学官和整顿学校的十八条方案 。神宗以为“深切时弊”，下诏命“各官着实遵行”，并大量裁减府、州、县学的学生数 。在明代，“科举必由学校” 。人口不断增加，学校招生人数反而减少，不但与社会发展大势背道而驰，对于那些追求功名利禄者更是当头一棒 。明神宗还根据张居正的建议，诏毁天下书院，迫害士人，实行文化专制 。这些都是倒退行为，所以，一开始就遭到激烈反对，难以贯彻执行 。张居正本人更为此付出了沉重代价：大邑士子多怨之，或谓他“千虑一失，在汰郡县诸生”，成为后来惨败的祸根之一 。外交西学东渐
万曆年间，西方传教士纷纷来华传播基督教，使得中西之间文化上得到交流 。万曆二十八年十二月二十二日（1601年1月25日），利玛窦觐见了朱翊钧 。向朱翊钧进呈自鸣钟、圣经、《万国图志》、大西洋琴等方物，得他的信任 。利玛窦还把封面烫金、装订精美的地图集《地球大观》送给他，告诉他，从这部地图集上，可以看到他从西方来到中国途经的路径 。
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万曆时期来华的利玛窦同年，朱翊钧下诏允许利玛窦等人长居北京 。之后利玛窦在北京以丰富东西学识，结交中国的士大夫 。常与宾客谈论天主、灵魂、天堂、地狱 。同时编撰新书，包括以中文写成的《二十五言》等，得到不少中国知识分子的尊重 。到了1605年，北京已有200人信奉天主教，当中有数名更是公卿大臣 。这当中最着名的，也是后来影响最大的是进士出身的翰林徐光启 。除利玛窦外，明末来中国的着名传教士还有义大利人熊三拔、艾儒略，日耳曼人汤若望，瑞士人邓玉函，西班牙人庞迪我等 。这些传教士在中国传播西方天文、数学、地理等科学技术知识 。对于当时中国社会经济文化的发展起了一定的促进作用，对于中国士大夫阶层中的少数先进分子，起了一种唤醒的作用 。对中西交流作出了重要贡献，传教士把在中国所经历的写到西方去，引起西方巨大的反响，对日本和朝鲜半岛上的国家认识西方文明也产生了重要影响 。
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荷兰约道库斯·洪第乌斯编制的万曆三十八年明朝版图中英交流