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明定陵地宫万曆四十七年（1619）三月，萨尔浒之战，明军四路大军，三路全军覆没，丧师九万，败局遂成 。辽东战争每年约需银四百余万两，朱翊钧为了应付这笔庞大的军费，自万曆四十六年九月起，先后三次下令加派全国田赋，时称“辽饷” 。明末三饷（辽饷、剿饷、练饷）加派开始 。加派非但无济于事，反而激起了全国人民的强烈不满，纷纷投入反对明朝的革命洪流 。朱翊钧自己也因此情绪低落，愁眉不展 。万曆四十八年（1620）三月，朱翊钧因长期酒色无节，加上辽东惨败，国事困扰，终于病重不起 。七月二十一日，神宗在弘德殿去世，终年五十八岁 。二十二日发丧，二十三日颁布遗诏，命皇太子朱常洛嗣位 。九月初十日尊谥号神宗范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝，庙号神宗 。十月初三日，安葬于定陵 。为政举措政治官吏考核
万曆初年的政治改革主要措施是“考成法”，是万曆元年（1573）推行的 。它是针对官僚作风和文牍主义而提出的，意在“尊主权，课吏职，信赏罚，一号令”，提高朝廷机构办事效率 。按照考成法的要求，事必专任，立限完成；层层监督，各负其责 。明神宗说：“事不考成，何由底绩 。”其特点是改变国家机构的运作机制：以内阁监控六科，六科监控部院，部院监控地方抚按，最后使“部权尽归内阁” 。六科和部院原是直接向皇帝负责，把它们变为受内阁制约，听从内阁指挥，实有悖于祖宗旧制，实质上是将一部分皇权转移到内阁 。这是张居正对明代官制的一次重大变革 。早朝制度
隆庆六年（1572），朱翊钧即位，关于早朝这一仪式有了折中的变通办法 。根据大学士张居正的安排，一旬之中，逢三、六、九日早朝，其他日子则不朝，以便年轻的皇帝可以有更多的时间攻读圣贤经传 。这一规定执行以来已近15年，越到后来，圣旨免朝的日子也越来越多 。与此同时，其他的礼仪，如各种祭扫，皇帝也经常不能亲临而是派遣官员代祭 。实际上，神宗的早朝，即使按规定举行，较之前代，已经要省简多了 。首先是早朝的地点很少再在正殿，而且在一般情况下早朝人员都不经午门而集结于宣治门，所有骏马驯象的仪仗也全部减免不用 。其次，御前陈奏也已流于形式，因为所有陈奏的内容都已经用书面形式上达，只有必须让全体官员所知悉的事才在早朝时重新朗诵一过 。清算张居正
从万曆九年（1581）到万曆十年（1582）间，张居正一直没有请假，坚持办公 。次年二月，张居正旧病复发，虽然屡经名医医治，但是张居正自己也知道，自己“精力已竭”，“不过行尸走肉而已” ！万曆十年（1582）六月二十日，张居正病逝 。朱翊钧为之辍朝一天，给予张居正崇高的待遇：谥文忠，赠上柱国衔，荫一子为尚宝司丞，赏丧银500两 。然而，两年之后的万曆十二年（1584）八月，朱翊钧在都察院参劾张居正的奏疏中批示道：“张居正诬衊亲藩，侵夺王坟府第，管制言官，蒙蔽我聪明 。专权乱政，欺骗主上忘恩负义，谋划国家不忠 。本会断棺戮尸，念效劳有年，姑且免去全部法追论 。”（即说张居正无视皇帝权威，钳制言官，擅权乱政 。）
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张居正这时候的张居正一家，已经被抄家 。张府人口，一些老弱妇孺因为来不及退出被封闭于张府，饿死十余口，张居正80岁的老母还是在首辅大学士申时行的请求下才留有一所空宅和10顷田地 。张居正恐怕生前绝对不能想到，他死后竟然会遭到一手扶持的神宗如此无情的惩处 。朱翊钧这种一百八十度的态度转变是他长久处于张居正约束下的发泄，同样也是自己开始亲政的基础，推倒张居正，也就树立了皇帝自己的权威 。军事平定哱拜