朝鲜使臣李恆福曾评价神宗的穷奢极欲：穷极侈靡，以龙脑沉檀屑杂以椒末涂屋壁，又督珠市，尽纳其珠，择其大颗，络为障子 。又遣太监採珠于外，南方贡以珠，其重四两，天下所贡无于此 。此外大者不过三四钱，取之不遗余力，长安市上龙脑 。
民国历史学家白寿彝评价：明神宗在位四十八年，前十年奋发图强，中间十年由勤变懒，最后近三十年“万事不理” 。他的主要特徵，是贪酒、贪色、贪财而又贪权，始终“魁柄独持”，可谓操权有术，从这一点说，他不是一个庸人之辈 。但他又缺乏明太祖、明成祖那样的雄才大略 。
着名历史学家范文澜评价：神宗亲政以后，独揽大权，怠于政事而耽于享乐，日益挥霍侈靡，不知遏止 。
历史学家黄仁宇评价：总的来说，万曆即位以后的第一个十年，即从1572年到1582年，为本朝百事转苏、欣欣向荣的十年 。北方的“虏患”已不再发生，东南的倭患也已绝迹 。承平日久，国家的府库随之而日见充实 。
当年明月评价：刚满二十岁的他踌躇满志，虽然他不喜欢张居正，却继承了这位老师的志向 。自从正式执政以来，一直勤奋工作，日夜不息，他似乎要用行动证明，凭着自己的努力，也能够治理好这个国家，至少比那个人强 。
许文继、陈时龙评价：神宗朱翊钧是明代历史中统治最久的皇帝 。他的一生可以分成三个阶段：10岁到20岁，他只是一个象徵性的权威，凡事依大学士张居正而行；20岁以后，他开始亲政，有一段时间勤于政务；后期怠于政事，酒色财气，醉生梦死 。
王宏钧：万曆前十年，大学士张居正辅助神宗处理政事，更张祖制，社会经济发展较好 。神宗20岁时，张居正逝世，朱翊钧开始亲政，有一段时间勤于政务，主持“万曆三大征”，巩固了汉家疆土 。后期罢朝近30年 。在这一时期内，江南一带的商品经济高度发达，出现了资本主义生产关係的萌芽，但是阶级矛盾也日益加剧，文官集团的党争使得政治日益腐败黑暗，东北的女真趁虚兴起，因而种下了明朝灭亡的祸根 。
崔瑞德《剑桥中国明代史》：万曆皇帝聪明而敏锐；他自称早慧似乎是有根据的 。他博览群书；甚至在他最后的日子里，在他已深居宫廷几十年，并已完全和他的官吏们疏远了时，按照他时代的标準，他仍然博闻广识 。
轶事典故父子亲情有一次明穆宗在宫中骑马驰骋，朱翊钧拦住马对明穆宗说道：“父皇是天下的共主，万一出了闪失，如何向天下交代呢？”明穆宗听到这番话，赶紧下马，抱起朱翊钧走入宫中 。少时聪颖神宗登基之初，就以他高贵的仪表给了臣僚们以深刻的印象 。他的声音发自丹田，深沉有力，并有余音袅袅 。从各种迹象看来，他确实是一个早熟的君主 。他自己说过他在5岁时就能够读书，按中国旧时的计算方法，那时他的实足年龄仅在3岁至4岁之间 。巴力儘管如此，在他御字之初，由于年龄太小，临朝时还需要在衣袖里抽出一张别人事先为他书写好的纸片，边看边答覆各个官员的呈奏请示 。他自然不能完全明白纸片上所写答语的含义，而只是一个尚未成年的儿童在简单地履行皇帝的职责 。交好大伴慈圣皇太后与太监冯保都喜欢书法 。所以，朱翊钧很小的时候书法就极为工整 。冯保在宫中，被皇帝称作“伴伴”、“大伴”，小皇帝对于冯保非常畏惧 。每次小皇帝与小太监玩的时候，看到冯保来了，就正襟危坐说：“大伴来了 。”冯保的职责不但是对皇帝实行 一般的教育，有时还要代皇帝朱批 。因此，他与张居正之间的联繫要紧密一些 。实际上，正因为内有冯保，外有张居正，万曆初年的新政才能顺利地推行 。张居正对于朱翊钧的辅导和关怀无微不至，他为皇帝安排了详尽的视朝和讲读的日程表 。大至朝廷用人之道，小至宫中的一些小节，张居正都要细细地与皇帝说 。呵护太岳张居正身为辅臣，又是神宗的老师，自然有很大的权力，神宗对居正也是毕恭毕敬，言听计从 。史载“帝虚以委居正，居正亦慨然以天下为己任，中外想望风采 。”张居正所说所请，神宗大多称善，并一一批准，就连神宗自己都说：“卿平日所言，朕无一不从 。”甚至慈圣太后决定的事，张居正觉得不可行，神宗也要按张居正的意思说服太后然后行之 。神宗对张居正的请求不仅能从之，而且对弹劾张居正的官员皆给予申饬#贬黜，万曆四年春正月，“御史刘台劾大学士张居正专擅威福，如逐大学士高拱，私赠成国公朱希忠王爵，引用张四维、张翰为党，斥逐言官余懋学、傅应桢，罔上行私，横黩无厌 。居正甚怒，见上辞政，曰：臣之所处者，危地也 。言者以为擅作威福，而臣之所行，正威福也 。将巽顺以悦下耶？则负国 。竭公以事上耶？无以逃端擅之讥 。伏地不肯起 。上下御座，手掖之曰：先生起，朕当则台以谢先生！诏下台狱，杖之百，远戍之 。”可见，神宗对张居正呵护有加 。喜爱读书自从张居正去世以后，万曆脱出了翰林学士的羁绊；而自从他成为父亲以来，慈圣太后也不再干预他的生活 。但是，皇帝在这个时候确实已经成年了，他已经不再有兴趣和小宦官去胡闹，他变成了一个喜欢读书的人 。他命令大学士把本朝祖宗的“实录”抄出副本供他阅读，又命令宦官在北京城内收买新出版的各种书籍，包括诗歌、论议、医药、剧本、小说等各个方面 。明末三案参见词条：明末三案亲属成员家世祖父：世宗肃皇帝朱厚熜 。