参见：宁夏之役万曆二十年（1592），哱拜和哱承恩父子在宁夏银川反叛（哱拜是蒙古鞑靼部人，降明以后做副总兵 。他的儿子叫哱承恩，承袭父爵，做了指挥使），朱翊钧果断决定平叛 。派去平叛的军队攻打了几次都没有取胜，万曆皇帝又派李成梁的儿子李如松为总兵，率军平叛 。李如松派人决黄河水灌城，城外积满了水，城被沖开一个口子；李如松乘势下令攻城，一举平息了哱拜之乱 。援朝抗倭
参见：万曆韩战从万曆二十年（1592）到二十七年（1599），朝鲜遭到日本侵略，王京陷落，八道失陷七道，仅靠近明朝边境义州一带尚存 。朝鲜危急，请求明朝援助，“请求援助的使者，在路上络绎不绝” 。朱翊钧鑒于唇亡则齿寒，决定派兵到朝鲜，援朝抗倭 。这场战争时断时续，前后进行了七年多 。最后，日本因丰臣秀吉去世，将侵朝日军撤出朝鲜，明军战胜而归 。勘定播州
参见：播州之役万曆十七年（1589），播州（播州就是今贵州遵义地区）宣慰司使杨应龙发动叛乱，朱翊钧派兵平叛 。这场战争时断时续，一直到万曆二十八年（1600），最后的结局是明军八路进兵，四月告捷，平息了杨应龙之乱 。用兵女真
万曆四十六年（1618年）四月十三日，建州女真首领努尔哈赤发布“七大恨”，起兵反明，建立后金政权 。女真兵克抚顺，朝野震惊 。万曆四十七年（1619），辽东经略杨镐四路进攻努尔哈赤，在萨尔浒之战大败，死四万余人，开原和铁岭沦陷，首都燕京震动 。朱翊钧用熊廷弼守辽东，屯兵筑城，才稍稍将东北局势扭转 。经济清丈田亩
清丈田亩又称“清丈田粮”，目的是为了纠正田制混乱 。这是继朱元璋之后进行的又一次全国性的土地大清丈 。朱元璋时期那次大清丈，与“赋役黄册”相配套，编造了“鱼鳞图册”，为明代田赋徵收奠定了基本框架 。到了明中叶以后，“鱼鳞图册”已面目全非，赋役征派日益不均，国家赋税收入越来越少，“私室日富，公室日贫，国匮民穷”，田亩已是非清不可了 。同明代其他重要经济改革一样，这次清丈也是首先从东南沿海地区搞起来的 。
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鱼鳞图册万曆六年（1578）十一月，朱翊钧下令在福建试点 。中心问题是为了改变有田者不交纳税粮、无田者苦于赔纳的怪现象，使田亩与税粮挂鈎 。由于朱翊钧态度明确，张居正指导得力，坚决排除阻力，试点工作进行得颇为顺利 。至万曆八年（1580）九月，福建清丈田粮的事务告竣之后 。神宗与张居正因势利导，趁热打铁，立即通行全国清丈 。户部奉旨就清丈範围、职责、政策、方法、费用、期限等制定了八项规定，于同年十一月下发各地 。至万曆十年（1582）十二月，各省均按三年期限基本完成，总计支出新增一百四十余万顷 。有些地方还重新编造了“鱼鳞图册” 。是明代田制与赋制的又一次综合整治，成绩显着 。缺点是有些地区为“求亩多”，不实事求是，用小弓丈量，以致出现新的“虚额”，加重小民负担 。
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明神宗郊祀天坛一条鞭法
鞭，又称“一条边”、“条边”、“一条编”、“条编”等 。其视点是变通赋与役的徵收方法 。它和清丈田亩一样，也是在嘉靖、隆庆以来各地逐步试行的基础上发展起来的 。明神宗的功劳，是支持把它推广到全国，实现了中国古代赋役史上一次伟大的变革，为实行货币地租创造了条件 。一条鞭法，“总括一州县之赋役，量地计丁，丁粮毕输于官 。一岁之役，官为佥募 。力差，则计其工食之费，量为增减；银差，则计其交纳之量，加以增耗 。凡额办、派办、京库岁需与存留、供亿诸费，以及土贡方物，悉并为一条，皆计亩征银，折办于官，故谓之一条鞭” 。其基本精神与特点是把赋与役合併，简化徵收手续，扩大了折色範围，改变了以往的徵收方法 。它的推行，是中国封建社会晚期生产关係与生产力发展变化的反映 。万曆九年（1581），一条鞭法已在全国各地“尽行之” 。矿监税使