祖母：（追尊）孝恪皇后杜氏 。
父亲：明穆宗朱载垕 。
生母：李贵妃，李彩凤，神宗即位，尊称慈圣皇太后 。死后謚曰“孝定贞纯钦仁端肃弼天祚圣皇太后” 。
兄弟长兄：朱翊釴，早亡 。
次兄：朱翊钤，早亡 。
四弟：朱翊镠，封潞王，与神宗同母 。
后妃皇后孝端显皇后王氏（1564年—1620）：神宗原配，名王喜姐，謚孝端贞恪庄惠仁明媲天毓圣显皇后 。
孝靖皇后王氏（1565年—1611）：謚温肃端靖纯懿皇贵妃 。
皇贵妃郑贵妃（1565—1630），崇祯三年（1630）七月薨，謚曰恭恪惠荣和靖皇贵妃 。
李贵妃（？—1597），即李敬妃，万曆二十五年（1597）三月二十一日病薨 。
妃刘昭妃（1557年—1642），万曆六年选美入宫的三人之一 。
杨宜妃（？—1581），万曆六年选美入宫的三人之一 。
周端妃，万曆十年（1582）选美入宫的“九嫔”之一 。
荣妃王氏（？—1591），万曆十年（1582）选美入宫的“九嫔”之一 。
顺妃常氏（？—1594），原是宫女，万曆十一年封顺妃 。
顺妃李氏（？—1623），万曆三十二年（1604）八月册封顺妃 。
德妃许氏（？—1602），万曆十四年册封为德妃，无出 。
王僖妃（？—1589），本为低级妃嫔，无出 。
嫔李德嫔（1567年—1628）“九嫔”之一 。河南开封府祥符县人，生有四位公主 。
魏慎嫔（1567年—1606）“九嫔”之一 。大名府魏县人，父锦衣卫正千户魏承志 。
邵敬嫔（？—1606）“九嫔”之一 。直隶扬州府泰州人，父锦衣卫正千户邵名 。
张顺嫔（1567年—1588）“九嫔”之一 。河南开封府大康县人，父张榛授锦衣卫正千户 。
梁和嫔（1562年—1643）“九嫔”之一 。河南归德府人，父锦衣卫正千户梁慎 。
李荣嫔（1568年—1626）“九嫔”之一 。河南开封府祥符县人，父李山授锦衣卫衣左所正千户 。
耿悼嫔（1568年—1589）估计是宫女进封的 。直隶保定府安肃县人，父耿大享，母王氏 。
子女皇子
- 长子朱常洛，明光宗，母孝靖皇后王氏 。
次子朱常漵，邠哀王，母郑皇贵妃（一说为常顺妃），甫生即死 。
三子朱常洵，福忠王，母郑皇贵妃 。
四子朱常治，沅怀王，母郑皇贵妃，早夭 。
五子朱常浩，瑞王，母周端妃 。
六子朱常润，惠王，母李皇贵妃 。
七子朱常瀛，桂端王，母李皇贵妃 。
八子朱常溥，永思王，母李顺妃，早夭 。
- 长女荣昌公主朱轩媖，神宗第一女，母孝端皇后王喜姐 。
次女云和公主朱轩姝，神宗第二女，母郑皇贵妃 。
三女静乐公主朱轩妫，神宗第三女，母荣妃 。
四女云梦公主朱轩嫄，神宗第四女，母孝靖皇后王氏 。
五女仙居公主朱轩姞，神宗第五女，母李德嫔 。
六女灵丘公主朱轩姚，神宗第六女，母郑皇贵妃（一说为李德嫔） 。
七女寿宁公主朱轩媁，神宗第七女，母郑皇贵妃，二十七年下嫁冉兴让 。
八女泰顺公主朱轩姬，神宗第八女，母李德嫔 。
九女香山公主朱轩嬁，神宗第九女，母李德嫔，
十女天台公主朱轩媺，神宗第十女，母李顺妃 。
《明史·卷二十一·本纪第二十一》
《明实录·神宗卷》
人物争议参见词条：万曆怠政后人认为明朝的灭亡，万曆帝有着不可推卸的责任 。史学家也认为正是由于万曆帝的怠政，才导致明朝灭亡 。当然，万曆他的身体很差是他懒惰原因 。考古工作者发掘埋葬万曆的墓穴发现，“无论是棺内万曆右腿蜷曲的痛苦形状，还是尸骨复原后，右腿明显比左腿短的情形，都足以说明这位皇帝生前确实患有严重的足疾 。”而万曆帝对大臣的指责他也解释说自己身体不好 。这样的身体条件，严重地妨碍到了他出席各项活动，他也就因此背负上了“怠政”的恶名 。陵寝墓地明神宗朱翊钧死后葬于明定陵 。定陵位于北京昌平区，地面建筑的总布局，呈前方后圆形，含有中国古代哲学观念“天圆地方”的象徵意义 。定陵早在万曆帝生前就开始建设，万曆十二年（1584）开工，历时6年方完成，耗银八百万两 。陵墓建成时皇帝只有28岁，直到1620年才正式启用，该陵墓整整闲置达30年之久 。定陵成为十三陵中最大的三座陵园之一 。它的地面建筑共占18万平方米，前有宽阔院落三进，后有高大宝城一座 。陵正门前方是三卒汉白玉石桥 。过了桥是高大的碑亭 。亭周围有祠祭署、宰牲亭、定陵监等建筑物300多间 。再往后就是陵园最外面的围墙—外罗城（围墙外的围墙） 。1958年，在夏鼐亲自指导下进行的明定陵发掘，历时两年多顺利结束 。定陵是新中国第一座经国务院批准，有计画、有组织、主动发掘的帝王陵墓，出土了大量珍贵的丝织品、玉器、金器等文物 。然而，由于技术水平落后，无数奇珍异宝无法保存，发掘的丝织品变硬腐化，三口金丝楠木精製而成的巨大红漆棺椁以及万曆帝后的尸骨也在“文革”前后被红卫兵和革命干部遗弃及毁坏 。