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张居正所撰《帝鑒图说》万曆朝的前十年，在幼年朱翊钧的支持下，张居正在政治上、经济上进行大刀阔斧的改革，政府面貌焕然一新，经济状况也大为改善 。万曆十年（1582）六月，一代名臣张居正病逝，朱翊钧从此开始亲政 。这次改革，始于万曆元年（1573），至万曆十年（1582）基本结束 。它是明中叶以来地主阶级革新自救运动的继续和发展，也是明后期政治、经济关係新变动的深刻反映 。其範围，覆盖政治、经济诸方面 。具体步骤是，前五年以政治改革为重点，后五年以经济改革为主要任务 。十年改革取得了非常大的成就，扭转了正德、嘉靖两朝以来形成的颓势 。朱翊钧亲政后，主持了着名的“万曆三大征” 。先后在明王朝西北、西南边疆和朝鲜展开的三次大规模军事行动；分别为李如松（李成梁长子）平定蒙古人哱拜叛变的宁夏之役、李如松，麻贵抗击日本丰臣秀吉政权入侵的朝鲜之役，以及李化龙平定苗疆土司杨应龙叛变的播州之役，巩固了汉家疆土 。后世有说明军虽均获胜，但军费消耗甚鉅 。而三大徵实际军费则由内帑和太仓库银足额拨发，三大徵结束后，内帑和太仓库仍有存银 。万曆怠政万曆十四年（1586）十一月，朱翊钧开始沉湎于酒色之中，身体虚弱，每况愈下 。因此，朱翊钧执政中后期，几乎很少上朝 。他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递 。“万曆三大征”中边疆大事的处理，都是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的“召对”形式 。在三大徵结束之后，朱翊钧对于大臣们的奏章的批覆，似乎更不感兴趣了 。同年，礼部主事卢洪春奏曰：朱翊钧“日夜纵饮作乐” 。从同年起，为争立皇太子，演成了旷日持久的“国本之争” 。明末官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧 。东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多 。在东林党争无休无止之时，由于明神宗私爱贵妃郑氏之子、福王朱常洵，坚持其王府庄田“务足四万顷之数”，才肯让其出京之国，于是在朝廷又掀起了一场长达七八年之久的福王庄田之争 。福王之国洛阳刚刚过了一年，万曆四十三年（1615）五月初四日酉时，又发生了晚明历史上着名的梃击案，作案的是一个名叫张差的蓟州男子，史称“梃击案” 。起初，皇太子也以为“必有主使” 。是时，郑贵妃一再指天发誓，自明无他 。朱翊钧见事涉郑氏，加上多年来人们一直议论他不善待皇太子，感到事情重大，怕火烧自己，很快就亲自定张差为“疯癫奸徒”，并命“毋得株连无辜，致伤天和”，只处决张差及与之有关的太监庞保、刘成二人 。并特地为此于同月二十八日，一反常态，二十五年来第一次召见大臣，宣布他的命令，将此案草草收场 。
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万曆《平番得胜图》 因立太子之事与内阁争执长达十余年，最后索性三十年不出宫门、不理朝政、不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲 。万曆十七年（1589），朱翊钧不再接见朝臣，内阁出现了“人滞于官”和“曹署多空”的现象 。至于贪财一事，朱翊钧他在亲政以后，查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配 。为了掠夺钱财，他派出宦官担任矿监税使，四处搜括民财 。万曆二十五年（1597），右副都御史谢杰批评朱翊钧荒于政事，亲政后政不如初：“陛下孝顺父母、尊祖、好学、勤政、敬天、爱民、节约开支、听取意见、亲人和贤人，都不能够像当初一样 。”以至于朱翊钧在位中期以后，方入内阁的廷臣不知皇帝长相如何，于慎行、赵志皋、张位和沈一贯等四位国家重臣虽对政事忧心如焚，却无计可施，仅能以数太阳影子长短来打发值班的时间 。万曆四十年（1612），南京各道御史上疏：“台省空虚，那些致力于废除掉，皇上深居二十多年，从来没有一个接见大臣，天下将要沦陷的忧虑 。”首辅叶向高却说皇帝一日可接见福王两次 。万曆四十五年（1617）十一月，“部、寺大官十缺六、七，风宪重地空署几年，六科只剩下四个人，十三道只剩下五人 。”万曆中期后虽然不上朝，但是不上朝之后并没有宦官之乱，也没有外戚干政，也没有严嵩这样的奸臣，朝内党争也有所控制，万曆对于日军攻打朝鲜、女真入侵和梃击案都有反应，表示虽然忽略一般朝政，还是关心国家大事，并透过一定的方式控制朝局 。与世长辞参见：萨尔浒战役就在朱翊钧宗晏处深宫，“万事不理”，导致从内廷到外廷闹得不可开交之际，辽东后金迅速崛起，不断出兵南犯，向明军发动进攻，辽东战争爆发 。万曆四十四年（1616）正月初一日，后金政权正式建国，终于成为明朝的主要威胁 。自此明朝辽东的形势也随之每况愈下 。尤其是经过东征援朝战争和矿税使高淮乱辽以后，辽东边防空虚，军民困甚，供应艰难，加上明神宗用人不当，明军屡屡败北 。