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神宗生母李太后万曆皇帝继位伊始，大学士高拱马上呈进新政五事，要求其御门听政，亲答奏请，面见辅臣，议处要事，且一应章奏览后俱鬚髮送内阁看详拟票，杜绝内批留中 。虽然高拱的本意在于“以主上幼沖，惩中官专政，条奏请诎司礼权，还之内阁”，但仍可看出他对于幼年皇帝朝夕训诲的急迫心情，初衷未为不妥 。然而当时正值主少国疑之际，“上沖年在疚，拱默受成于两宫，权不自製，惟恐外廷之擅” 。在读书方面，朱翊钧也是从一开始就坚持按照祖宗旧制，举日讲，御经筵，读经传、史书 。在明朝的众皇帝中，除明太祖朱元璋之外，像朱翊钧那样确实是不多见的 。朱翊钧即位后，就按照内阁首辅张居正的建议，每天于太阳初出时就驾幸文华殿，听儒臣讲读经书 。然后少息片刻，复回讲席，再读史书 。至午饭完毕时始返回宫内 。只有每月逢三、六、九常朝之日，才暂免讲读 。除此之外，即使是隆冬盛暑亦从不间断 。内阁争纷朱翊钧即位时，一个突出的问题就是内阁纷争倾轧，整个朝廷也没有能够挽回嘉靖一朝的积弊 。这个社会问题，以后变得更为激烈 。按照明穆宗的布置，高拱是外廷的顾命大臣中排名最前的；在宫中，朱翊钧自然依靠冯保 。但是，冯保与高拱的关係非常恶劣 。此前，司礼监掌印太监职位空缺，高拱先后推荐了陈洪、孟沖，就是不愿让冯保做掌印太监 。神宗自己在登极诏中也命令他们：朕方在沖年，尚赖文武亲贤，“共图化理”，“与民更始” 。冯保此人知书达礼，又有文艺素养，所以很受明穆宗的喜爱 。冯保利用皇权更迭之间的权力真空，通过遗诏驱逐了政敌孟沖，亲自任司礼监掌印太监 。而此时的内阁首辅高拱也对冯保欲除之而后快，在高拱的授意下，工科都给事中程文、吏科都给事中雒遵、礼科都给事中陆树德都开始弹劾冯保 。由此，一场政治斗争势必不免，斗争中，冲突双方是冯保和高拱，而张居正表面上是帮助高拱的 。但实际上，张居正与冯保关係非常密切，早就预谋赶走高拱 。
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明神宗明穆宗末年，高拱为内阁首辅 。神宗即位之后，高拱“才略自许，负气凌人”，恰恰触犯了“自负付託之重，专行一意，以至内猜外忌”的为臣大戒，最终在官场角逐中失利 。人事变更的结果，张居正依序升为内阁首辅，责无旁贷地肩担起培养万曆皇帝的重任 。而此次政治震荡对幼小的万曆皇帝产成的刺激也颇为深刻：“专权之疑，深中帝心，魁柄独持，以终其世 。晚虽倦勤，而内外之间，无复挟恣意如初年者 。主术所操，为得其大也 。”而且高拱为人性格执拗，出言偏颇 。明穆宗去世时，高拱以主幼国危，痛哭时说了一句：“十岁太子如何治天下 。”神宗即位后，冯保将这句话加以歪曲，改成“高公讲，十岁小孩哪能决事当皇帝” 。神宗听到这话，“专权之疑，深中帝心” 。于隆庆六年（1572）六月十六日将他免职，以张居正取代他的位置 。此后神宗在位四十八年，始终坚持自操威柄 。他说过“若用舍予夺，不由朝廷，朕将何以治天下！”高拱一走，高仪也惊得呕血三日而亡，三位内阁顾命大臣中只剩下张居正一人 。同时，在经济和政治方面的问题也堆积如山 。面对着这些重重的困难，这个万曆帝没有畏缩不前，为了“皇图永固”，他以“少年天子”的气派，牢牢抓住“用人唯我”、生杀予夺在朝廷这根权柄，励精图治，推行新政，朱翊钧在位前十年中很有所作为 。励精图治张居正为内阁首辅以后，朱翊钧将内廷的事务托给冯保，“而大柄悉以委居正” 。对张居正不仅委以重任，而且尊礼有加，言必称“元辅张先生”，或“张先生”，从不直呼其名 。隆庆六年（1572）六月十九日，张居正刚刚走马上任几天，朱翊钧就在平台（即后左门）单独召见他，共商大计 。由于明穆宗在位从没有召见过大臣，所以这事在当时曾引起轰动，使廷臣看到朱翊钧承业治国的精神和决心，又大大提高了张居正的威信 。朱翊钧从思想上到行动上，全力支持张居正，合力进行改革，推行万曆新政 。政治改革的主要措施，是万曆元年（1573）推行的章奏“考成法” 。它是针对官僚作风和文牍主义而提出的，意在“尊主权，课吏职，信赏罚，一号令”，提高朝廷机构办事效率 。按照考成法的要求，事必专任，立限完成；层层监督，各负其责 。神宗说：“事不考成，何由底绩 。”其时，因为朱翊钧年幼，对祖制还不十分明白，不晓得箇中的利害关係 。后来，他意识到张居正的权力过大，“几乎震主”，这无疑是一个重要原因 。经济领域的改革，一是清丈全国田亩；二是推广“一条鞭法” 。万曆六年（1578）十一月，朱翊钧下令在福建行省进行试点 。至万曆八年（1580）九月，福建“清丈田粮事竣” 。朱翊钧与张居正因势利导，趁热打铁，立即通行全国清丈 。户部奉旨就清丈範围、职责、政策、方法、费用、期限等制定了八项规定，于同年十一月下发各地 。至万曆十年（1582）十二月，各省均按三年期限基本完成，总计支出新增一百四十余万顷 。推广“一条鞭法”，是当时经济改革的又一个重要举措 。万曆九年（1581），一条鞭法已在全国各地“尽行之” 。这标誌着整个张居正改革已经取得了重大胜利 。