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明朝奴儿乾都司1430年，明宣宗 “敕遣都指挥康旺、王肇舟、佟答敕哈等仍往奴儿乾都司，抚恤军民 。敕渝奴儿乾海东囊阿里、吉列迷、恨古河（今亨滚河）、黑龙江、松华江、阿速江 （今乌苏里江） 等处野人头目奉阿、囊哈奴等令皆受节制” 。清朝时期1616年以后，库页岛在努尔哈赤所建立的后金政权的管辖之下 。据清代文献记载：“清太祖遣兵四百收濒海散各部 ，其岛居负险者刳小舟二百往取，库页内附，岁贡貂皮，设姓长、乡长子弟以统之” 。清朝建立以后，库页岛先归宁古塔副都统管理（在1715年以前） ，后来又划归三姓副都统管辖 。库页岛上的居民每年到黑龙江下游的普隆霭（亦作普禄乡，今库页岛西海岸皮尔沃）向清朝政府交纳貂皮 。
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1689年（清康熙二十八年），清政府与沙皇俄国签定《尼布楚条约》，当中规定：黑龙江以北，外兴安岭以南，格尔必齐河、额尔古纳河以东至海为中国领土，中国方面的认知是将库页岛包括在内 。当时俄国人并不知晓库页岛的存在 。清朝康熙年间有明确记录的库页岛编户工作有三次，即二十九年（1690年）、四十九年（1710年）、五十一年（1712年） 。库页岛在法理上归属中国，但19世纪中叶割让前部分地区实际上被俄国和日本所控制 。1709年，康熙皇帝派遣地形测量队陪同三位耶稣会修士测量全国版图，他们到了黑龙江下游，耶稣会士得知黑龙江口外有一大岛以及岛上居民同满人贸易、饲养驯鹿 。翌年第二支由满人组成的测量队成功地横渡鞑靼海峡到达了库页岛 。清朝测量队在库页岛上竖立了刻有满语碑文的石碑和木碑 。
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美国历史教科书中的1760年清朝疆域图1732年（清雍正十年），清政府正式设立三姓副都统衙门来管理黑龙江下游、乌苏里江流域及濒东海地区和库页岛辽阔疆域，统以吉林将军 。衙门成立时规定，“居住海岛之库页费雅喀人贡貂，则由三姓副都统衙门派出官兵，前往约定之奇集噶珊收集贡貂并颁赏乌林 。如不前来约定之地，则令官兵寻入海岛，唤起前来，徵收貂皮并颁赏乌林 。”同年，三姓副都统衙门完成了对库页岛的编户工作，三姓副都统带人渡海登岛，招抚当地住民 。清朝管辖下的库页岛居民，各设姓长（哈喇达）、乡长（噶珊达）分户管辖 。康熙《皇舆全览图》上标明库页岛上有七个“噶山”：东海岸方面为厄里耶、披伦兔、萨衣，西海岸方面为拉喀、特恳、衣堆、蒲垄 。1742年（清乾隆七年），居住在库页岛魁玛乡的赫哲费雅喀人“霍集珲”（与清宗室联姻的边民）伊特谢努，杀死赫哲费雅喀人戴柱及乡长阿喀图斯等人 。命案发生后，前往该处收纳贡貂的章京即呈报吉林将军和三姓副都统，经奏準，由吉林将军派出宁古塔协领福顺及三姓协领赫保等80余名官兵捉拿人犯伊特谢努，同时吉林将军还派人赴库页岛达里喀乡接取库页费雅喀人舒隆武噜姓长齐查伊、陶姓姓长雅尔齐，以便讯明情由，断案处理 。
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库页岛居民收藏的乾隆四十年文书17世纪至19世纪，库页岛上的阿伊努族、费雅喀族和赫哲族，一直派出纳贡代表团到清政府设在黑龙江边的行署交纳贡赋，一些原住民首领甚至远行至宁古塔和吉林 。清朝允许库页岛派出的纳贡代表团到北京，清政府的政策是鼓励库页岛人的首领赴京娶亲，所以他们也愿意长途跋涉 。清政府赏赐纳贡代表团丰厚的物品，其中一些锦缎链珠、扇子，衣物、菸斗、缝针流入日本 。部落居民在满洲行署用皮毛换取货物，他们也把这些货物转手卖给来自库页岛南部或北海道北部的日本商人 。这些日本商人将买到的中国货物运至大阪和江户（今东京）高价出售 。这种转手贸易历史上被称为“山旦贸易”，“山旦”一词按阿伊努语是指黑龙江下游一带的Goldi部落 。根据清政府管辖库页岛的官方档案（今《三姓副都统衙门满文档案译编目录》库页岛部分），至少到“鹹丰元年（1851年）五月二十五日”，库页岛仍处在清政府的有效管辖下 。