后来张居正的政策遭到清算 ， 党派人员和亲属子嗣都受到处置 。张四维这个原本的继任者 ， 不仅没有站出来保护改革成果 ， 反而站到了对立面 ， 对张居正时期的措施提出不少质疑 ， 这是他受后世质疑的原因之一 。
万历十一年 ， 父亲去世 ， 张四维回家服丧 ， 辞去首辅之位 。因为昼夜赶路疲劳过度 ， 又遇母亲和两个弟弟去世 ， 悲痛不已 。孝期即将服满之时 ， 就因病去世 。消息传到朝中 ， 宋神宗十分悲痛 ， 下令辍朝一日 ， 遣官治葬事 ， 赠太师 ， 谥文毅 。

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