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约翰·穆勒创作高峰期在这段恋爱与婚姻的前后，正是密尔着作发表的高峰期，包括了《逻辑体系》 （A System of Logic，Ratiocinative and Inductive,1843）、《政治经济学原理》（Principles of political economy with some of their applications to social philosophy，1848）、《论自由》（On Liberty，1859）、《论代议制政府》（1861）、《效益主义》（Utilitarianism，1861）、《女性的屈从地位》（The Subjection of Women，1869）与《论社会主义》（Charters on Socialism，1876）等等 。密尔晚年并且曾经担任过一任的国会议员（1865-8），任内为改革法案与劳动阶级的利益做出了很大的贡献，并且极力参与政治与社会改革工作，从某个程度讲，他的人格与他的理论几乎毫无扞格，这是其一生的写照 。创作背景即便是以整个地球为视野，十九世纪也毫无疑问的可以被称为“英国的世纪”，1780年发生在英国的“工业革命”意味着生产力得以持久迅速的发展，并且相当程度摆脱了自然力对于人类的限制，但英国在当时科技方面不如法国，学校制度的完善不如日耳曼，工业革命为什幺会发生在英国？也许正如同E. Hobsbawm所云：“进行工业革命并不需要太多高深的学问 。”最重要的是将农村收编进入市场的体系，以及将金钱的力量深入人心，然后由政府出面来拓展资金流窜的空间，在这样的优势下英国做为第一个工业化的国度，而凭藉着技术上的优势，英国打造了一个广褒地令人咋舌的日不落国；经济上的改变也扭转了政治上的阶级概念，于是在英国的内政方面，由中产阶级以及工人阶级联合发动长达数十年之久的“宪章运动”（Chartist Movement），在哲学激进派的思想推波助澜下，成年男子的普选权、财产限制的门槛以及选区的重新划分都有了更大的进展 。也正由于这些做为连结政府与人民的最重要钮带被突破，中产阶级开始发挥本身的力量，改变着当时政治的形式和结构；并且冲击着当时的知识分子以及贵族阶级 。
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约翰·穆勒自传 另外一方面，由于工业资本主义高度发达，工厂工作条件与环境的恶劣、童工、待遇等等，工人阶级的问题开始浮现，于是自十九世纪初开始就有一大批乌托邦社会主义者出现，他们有感于同胞所受的苦难，努力去建构心中的理想政治社会体制，在实践上则建立了形形色色的合作社来实验 。当然，在这一路的思想里，最重要的是在十九世纪中叶，提倡科学社会主义的马克思（Karl Marx，1818-1883），他的理论几经转化，成为下一个世纪自由主义最大的对手 。主要着作其心理学思想散见于《逻辑学体系》（A System of Logic，1843）、《对汉密尔敦的审查》（Examinations of Sir William Hamilton's Philosophy，1865）和《对詹姆士·穆勒心理学的诠释》（1869）等，最后这部着作是他和贝因等合着的 。约翰·穆勒认为心理学应该是一门独立的科学，它的任务是发现各种心理状态间的规律 。同时他还指出心理学应从心理现象自身出发进行研究，不必藉助于生理学 。这种言论从其实质来说，是反对从唯物论出发研究心理的生理基础 。
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约翰·穆勒《穆勒名学》（严复译）《论自由》被多次翻译再版—— （大陆版：许宝骙译，商务印书馆，2005，ISBN 7-100-02027-1/D·165；台湾版：程崇华译，1986，台北：唐山 。最近大陆译本：孟凡礼译，广西师範大学出版社，2011.8，ISBN 978-7-5495-0521-0/D081 -桂林）《论自由及论代议政府》（郭志嵩译，1961，台北：协志）《代议制政府》（商务印书馆，1982）《政治经济学原理》《功利主义》经典理论国情法则1.否定商品供给的一般过剩.穆勒重複萨伊供给创造自己需求的说法.2.继承稳定状态的论点.他认为，财富的增长并不是无限的，在进步的尽头就是稳定状态，财富的增长只不过是延缓了稳定状态的来临..如果生产技术不进一步改良或者资本不再从富裕的国家流向未开发的国家，由于利润率的降低，富裕国家很快就会达到稳定状态.国际价值法则3.国际价值法则：“一国的生产物总是按照该国的全部输出品适足抵偿该国的全部输入品所必需的价值，与其他国家的生产物相交换 。这一国际价值法则只是更为一般的价值法则，即我们称之为供给和需求方程式的延伸” 穆勒的国际价值学说是对古典学派国际贸易理论尤其是李嘉图的相对成本理论的重要补充和发展，在国际贸易学说史上，具有重要的地位和影响4.工资论：他认为工资是由劳动的供给和需求决定的，劳动的供给即是工人人数，劳动的需求即是购买工人的劳动的资本，古典经济学家称之为工资基金，通常认为工资基金总是由维持工人所需最低生活费用决定的，因而它是一个固定的量，在此基础上，他认为，长期来看，工资的多少主要取决于工人人数，即人口，他认为控制人口才是改善工人生活水平的主要办法，同时，穆勒认为，政府实行的最低工资或补贴行为，都是没有实际效用的，并不能真正改善工资环境 。5.强调分配公平的重要性.约翰穆勒的相互需求决定论一相互需求方程式：又称国际需求方程式，基本含义是：在国际贸易中，两种商品交换的比例决定于贸易双方对对方商品的需求程度，即每一国的出口量正好等于对方的进口量 。国际交换的比例随着两国需求状况的变化而变化，其变化範围总处在两国国内的交换比例之间 。1、两国国内交换比价确定了国际交换比价的变化範围 。2、贸易一方的出口量正好等于对方的进口量是国际交换比价唯一确定的条件 。3、国际交换的比价随着贸易双方需求的变化而变化 。二相互需求方程式与贸易利益的分配：根据相互需求方程式，贸易形成的条件决定于贸易双方的相互需求原理，贸易双方的需求强度也决定了贸易利益在双方的分配状况，即哪国对进口商品的需求强度越大，则国际交换比价越不利于该国 。反之，对进口商品的需求强度越小，国际交换的比价越有利于该国 。换一种说法就是，国家交换比价越接近与该国的国内的交换比价，对该国越不利 。主要建树约翰·穆勒为了补救他父亲的心理力学中机械性的缺陷，提出了“化学心理学”这一思想，认为有些观念的联合好像氢和氧化合成水一样，水具有新的性质，这种性质无论在氢或氧中都是没有的，它是由氢和氧的化合物形成的新品质 。他还认为由观念的联合而形成的新品质不能由原先观念的性质来预知，而必须通过实际经验才可以认识到 。他从“心理混合”改为“心理化合”，用心理化学代替心理力学，这种看法似乎比较符合于心理事实 。1865年约翰·穆勒提出了四条联想律，即类似律、接近律、多次律和不可分律 。其中删去了1843年他所提出的强度律 。约翰·穆勒和他父亲詹姆士·穆勒都属于唯心论的联想主义心理学家，但他反对心理力学、倡导心理化学，强调心理学的独立性，强调联想的主动性和联想律的共同基础，在当时的历史条件下是有进步意义的 。约翰·斯图亚特·穆勒更是一位着名的经济学家，他在1848年出版的《政治经济学原理-及其在社会哲学上的若干套用》是第一本影响西方经济学教育达半个世纪的教科书 。影响评价约翰·穆勒自由主义思想的影响约翰·穆勒对西方自由主义 思潮影响甚广，尤其是其名着《论自由》（On Liberty），更被誉为自由主义的集大成之作，同时也与弥尔顿的《论出版自由》一道，被视为报刊出版自由理论的经典文献 。这部着作的要义可以概括为：只要不涉及他人的利害，个人（成人）就有完全的行动自由，其他人和社会都不得干涉；只有当自己的言行危害他人利益时，个人才应接受社会的强制性惩罚 。这就是约翰·穆勒 所划定的个人与社会的权利界限，所以，1903年当严复第一次把《论自由》介绍到中国来时，书名就叫《群己权界论》 。《论自由》的第二章专门探讨了言论自由问题，标题就叫《论思想自由和讨论自由》，这部分论述对报刊自由主义影响最大 。约翰·穆勒 的经典之作《论自由》被认为是对十九世纪维多利亚社会中瀰漫着的强制性道德主义的反抗 。自由论的价值约翰·穆勒 着《自由论》的目的是要在充斥着宗教不容忍与如影随形的伪善的维多利亚社会里，为个人抵御这些压迫势力提供一些保护 。如果书中有哪一句话最能揭示《论自由》全书的宗旨，那这句话就是：“如果整个人类，除一人之外，意见都一致，而只有那一个人持相反意见，人类也没有理由不让那个人说话 。正如那个人一旦大权在握，也没有理由不让人类说话一样 。”