司马迁接受了儒家的思想，自觉地继承孔子的事业，把自己的著作看成是第二部《春秋》 。但他并不承认儒家的独尊地位，他还同时接受了各家特别是道家的影响 。他的思想中有唯物主义因素和批判精神，特别由于自身的遭遇，更增加了他的反抗性 。班彪、班固父子指责司马迁“是非颇谬于圣人：论大道则先黄老而后六经，序游侠则退处士而进奸雄，述货殖则崇势力而羞贫贱”，这正说明了司马迁的思想比他的许多同时代人站得更高，而为一些封建正统文人所无法理解 。我们今天正是从这些封建正统文人的指责中，看到了司马迁进步思想的重要方面 。
《史记》是我国历史学上一个划时代的标志，是一部“究天人之际，通古今之变，成一家之言”的伟大著作，是司马迁对我国民族文化特别是历史学方面的极其宝贵的贡献 。全书包括本纪、表、书、世家和列传，共一百三十篇，五十二万六千五百字 。“本纪”除《秦本纪》外，叙述历代最高统治者帝王的政迹；“表”是各个历史时期的简单大事记，是全书叙事的联络和补充；“书”是个别事件的始末文献，它们分别叙述天文、历法、水利、经济、文化、艺术等方面的发展和现状，与后世的专门科学史相近；“世家”主要叙述贵族侯王的历史；“列传”主要是各种不同类型、不同阶层人物的传记，少数列传则是叙述国外和国内少数民族君长统治的历史 。《史记》就是通过这样五种不同的体例和它们之间的相互配合和补充而构成了完整的体系 。它的记事，上自黄帝，下至武帝太初(前104—101)年间，全面地叙述了我国上古至汉初三千年来的政治、经济、文化多方面的历史发展，是我国古代历史的伟大总结 。
司马迁的著作，除《史记》外，《汉书·艺文志》还著录赋八篇，今仅存《悲士不遇赋》一篇和有名的《报任安书》 。《报任安书》表白了他为了完成自己的著述而决心忍辱含垢的痛苦心情，是研究司马迁生平思想的重要资料，也是一篇饱含感情的杰出散文 。《悲士不遇赋》也是晚年的作品，抒发了作者受腐刑后和不甘于“没世无闻”的愤激情绪 。

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