1、接种年龄段不同
二价疫苗的接种年龄段在9—45周岁，四价疫苗的接种年龄段在20—45周岁 。
2、预防的病毒亚型不同
两种疫苗关键的差别在于预防的病毒亚型有所不同 。二价疫苗是针对HPV16以及HVP18两种导致宫颈癌病毒的预防，四价疫苗在二价疫苗的基础上增加了对HPV6和HPV11的预防，因为HPV6和HPV11会导致90%的尖锐湿疣 。另有九价疫苗针对九种亚型 ， 预防面更广，但还没有获准进入中国市场 。
3、接种时间不同
从免疫程序上来讲，二价疫苗的接种时间为第0、1、6个月，四价疫苗的接种时间则为第0、2、6个月，首次接种后 ， 过2个月、6个月再分别接种两次即可 。
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