后来孟德尔回家后还是在修道院工作，但是他利用业余时间研究植物杂交的实验，这样的经历长达了十二年 。在这些实验中，豌豆实验最为有名 。八年的坚持不懈让他成功发表了一篇关于植物杂交的论文，但是这篇论文的问世并没有多少人关注，只因当时的时代还跟不上他超前的思维 。很庆幸，他的论文在后来被三个不同国籍的植物学家分别予以证实，才得到公认 。
孟德尔豌豆杂交实验得到了相对性状中的显性和隐性问题的原理 。孟德尔很据自己发现的原理，做了进一步的推想 。他设想遗传因子是成双的出现在身体细胞的，而在生殖细胞中，遗传因子是成单出现的 。孟德尔认为能顾观察到花的颜色就是由遗传因子决定的 。
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