卫瓘的话，最终传到了太子妃贾南风耳朵里，贾南风因此对卫瓘怀恨在心 。司马炎病死，太子司马衷即位，是为晋惠帝，由太傅杨骏辅政 。杨骏被楚王司马玮诛杀后，卫瓘便与汝南王司马亮共辅朝政 。不久，皇后贾南风找了个借口，联合司马玮免去了卫瓘的官位，并将卫瓘与子孙九人一同杀害，享年七十二岁 。
卫瓘在与钟会、邓艾、姜维的较量中大获全胜，不料最终却因为一句话，死在西晋复杂的政治斗争中 。卫瓘死后多年，经过他的女儿以及朝臣们上书，卫瓘一案才得以昭雪，晋惠帝下诏追赠卫瓘假黄钺、兰陵郡公，追谥成公 。

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