安装swiss _数据库

安装swiss-port数据库步骤与BLAST query error: ::():is notuntil after Read()异常
同理
Linux 下安装及使用blast - 知乎 ()
【安装swiss】wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/swissprot.tar.gztar -zxvf swissprot.tar.gz -C /home/admin/blast/db
解压Swiss-port数据库,在bin文件夹的同一路径下（不是在bin文件夹下）创建创建db/文件夹，将已经编译好的数据库下载（下载链接找我要）解压缩放入db/文件夹内。
db//目录下的文件

文章插图
-后面是test.fasta的文件路径(- 后的参数是默认拼接blast/bin目录，所以) ， test.fasta文件内有是由头部和序列两个部分组成（在txt里面写，然后另存为fasta文件就可以了）第一行是头部，第二行是序列，例如
-db后面是数据库文件位置。-db /home/admin/blast/db// 因为会将中所有前缀作为数据库文件，路径中的第一个表示目录，第二个表示数据库的前缀
如果这里出错会出现BLAST query error: ::():is notuntil after Read()异常
-后面是迭代次数，一般是3 。
-后面是输入的pssm文件路径

psiblast -query /home/admin/repository/fasta/test.fasta -db /home/admin/blast/db/swissprot/swissprot -num_iterations 3 -out_ascii_pssm /home/admin/repository/pssm/test.pssm -out /home/admin/repository/pssm/logInfo

-query 参数为fasta文件地址
-db表示数据库位置
- 表示pssm矩阵输出位置
-out 表示输出控制台信息保存到对应文件