南瓜苗不可以做嫁接番茄的砧木，因为它们不是一个科的蔬菜 。不能亲和 。
一、常用的番茄嫁接砧木砧木品种：
1、板砧2号：根系发达，对根结线虫免疫 。叶色浓绿，长势极强，与番茄各栽培品种嫁接亲和性极好，嫁接后番茄综合抗性强，可作为茬口番茄栽培嫁接砧木 。
2、托鲁巴姆：属野生茄子类砧木品种，根系发达，对根结线虫、青枯病免疫 。叶色浓绿 ， 长势极强 ， 与番茄各栽培品种嫁接亲和性极好，嫁接后番茄综合抗性强，可作为各茬口番茄栽培嫁接砧木 。
3、曼陀罗：属野生茄科类植物 ， 根系发达，对根结线虫免疫 。叶色浓绿，长势极强，与番茄各栽培品种嫁接亲和性极好 ， 嫁接后番茄综合抗性强，可作为各茬口番茄栽培嫁接砧木 。
二、番茄嫁接的好处：
【南瓜苗可以做嫁接番茄的砧木吗】1、提高土壤肥水利用率：嫁接番茄能够利用番茄砧木根系发达、吸收能力强的特点 ， 提高土壤肥水的利用率，提高肥效，降低施肥量 。
2、提高番茄的抗寒能力和抗土壤高湿的能力 。