自然人电子税务局扣缴端或WEB端，办税服务厅 。
注意：企业经办人员经法定代表人或财务负责人在APP端或者WEB端授权后，即可在WEB端扣缴功能操作手续费退付申请 。

拓展阅读：
【南京个税代扣手续费返还申请方式 南京个税怎么扣】从2019年1月1日起，纳税人申请开具税款所属期为2019年1月1日(含)以后的个人所得税缴（退）税情况证明的，税务机关不再开具《税收完税证明》(文书式)，调整为开具《纳税记录》；纳税人申请开具税款所属期为2018年12月31日(含)以前个人所得税缴(退)税情况证明的，税务机关继续开具《税收完税证明》(文书式) 。

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