6月5日光秀进入安土城 。7日，朝廷派敕使拜访明智光秀 。9日正准备前往京都时接到了秀吉于备中国大返还的消息后出兵山崎 。光秀回军于6月13日与丰臣秀吉、丹羽长秀、织田信孝等战于天王山(又称山崎合战)，由于兵单势微，加上多数部将选择支持讨逆叛徒的羽柴军，明智军溃败，光秀循小路欲逃回阪本，却于当日深夜在小栗栖遭到刺杀，重伤的光秀让家臣沟尾庄兵卫介错 。
有一说法着是光秀从此出家隐居，化名南光坊天海 。其短命的政权被人称为“三日天下” 。
【本能寺之变明智光秀为何会背叛织田信长？明智光秀生平事迹简介】
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