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ATP在细胞中位于生化系统的中心
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ATP中心假说示意图原始的遗传密码可能比今天简单得多 ， 随着生命演化製造出新的胺基酸再被利用而令遗传密码变得複杂 。虽然不少证据证明这一观点 ， 但详细的演化过程仍在探索之中 。经过自然选择 ， 现时的遗传密码减低了突变造成的不良影响 。Knight等认为 ， 遗传密码是由选择（selection）、历史（history）和化学（chemistry）三个因素在不同阶段起作用的（综合进化假说） 。其它假说：艾根提出了试管选择（in vitro selection）假说 ， 奥格尔（Leslie Eleazer Orgel）提出了解码（decoding）机理起源假说 ， 杜维（Christian de Duve）提出了第二遗传密码（second genetic code）假说 。Wu等推测 ， 三联体密码从两种类型的双联体密码逐渐进化而来, 这两种双联体密码是按照三联体密码中固定的硷基位置来划分的, 包括前缀密码子（Prefix codons）和后缀密码子（Suffix codons） 。不过 ， Baranov等推测三联体密码子是从更长的密码子（如四联体密码子quadruplet codons）演变而来 ， 因为长的密码子具有更多的编码冗余从而能抵御更大的突变压力 。密码子表此表列出了64种密码子以及胺基酸的标準配对 。1994年版曾邦哲着《结构论》中对密码子和胺基酸的组合数学计算公式为：C1/4+2C2/4+C3/4=20胺基酸 ， C1/4+6（C2/4+C3/4）=64密码子 。第一位硷基第 二 位 硷 基第三位硷基-UCAG-UUUU (Phe/F)苯丙氨酸UUC (Phe/F）苯丙氨酸UUA (Leu/L)亮氨酸UUG (Leu/L）亮氨酸UCU (Ser/S)丝氨酸UCC (Ser/S）丝氨酸UCA (Ser/S）丝氨酸UCG (Ser/S）丝氨酸UAU (Tyr/Y)酪氨酸UAC (Tyr/Y）酪氨酸UAA （终止）UAG （终止）UGU (Cys/C)半胱氨酸UGC (Cys/C）半胱氨酸UGA （终止）UGG (Trp/W)色氨酸UCAGCCUU (Leu/L）亮氨酸CUC (Leu/L）亮氨酸CUA (Leu/L）亮氨酸CUG (Leu/L）亮氨酸CCU (Pro/P)脯氨酸CCC (Pro/P）脯氨酸CCA (Pro/P）脯氨酸CCG (Pro/P）脯氨酸CAU (His/H）组氨酸CAC (His/H)组氨酸CAA (Gln/Q)谷氨醯胺CAG (Gln/Q）谷氨醯胺CGU (Arg/R）精氨酸CGC (Arg/R)精氨酸CGA (Arg/R）精氨酸CGG (Arg/R）精氨酸UCAGAAUU (Ile/I)异亮氨酸AUC (Ile/I）异亮氨酸AUA (Ile/I）异亮氨酸AUG (Met/M)甲硫氨酸（起始）ACU (Thr/T)苏氨酸ACC (Thr/T）苏氨酸ACA (Thr/T）苏氨酸ACG (Thr/T）苏氨酸AAU (Asn/N)天冬醯胺AAC (Asn/N）天冬醯胺AAA (Lys/K）赖氨酸AAG (Lys/K）赖氨酸AGU (Ser/S）丝氨酸AGC (Ser/S）丝氨酸AGA (Arg/R）精氨酸AGG (Arg/R）精氨酸UCAGGGUU (Val/V)缬氨酸GUC (Val/V）缬氨酸GUA (Val/V）缬氨酸GUG (Val/V）缬氨酸GCU (Ala/A)丙氨酸GCC (Ala/A）丙氨酸GCA (Ala/A）丙氨酸GCG (Ala/A）丙氨酸GAU (Asp/D)天冬氨酸GAC (Asp/D）天冬氨酸GAA (Glu/E）谷氨酸GAG (Glu/E）谷氨酸GGU (Gly/G)甘氨酸GGC (Gly/G）甘氨酸GGA (Gly/G）甘氨酸GGG (Gly/G）甘氨酸UCAG注：（起始）标準起始编码 ， 同时为甲硫氨酸编码 。mRNA中第一个AUG就是蛋白质翻译的起始部位 。逆密码此表列出了和20种胺基酸和密码子的标準配对 。AlaAGCU,GCC,GCA,GCGLeuLUUA,UUG,CUU,CUC,CUA,CUGArgRCGU,CGC,CGA,CGG,AGA,AGGLysKAAA,AAGAsnNAAU,AACMetMAUGAspDGAU,GACPheFUUU,UUCCysCUGU,UGCProPCCU,CCC,CCA,CCGGlnQCAA,CAGSerSUCU,UCC,UCA,UCG,AGU,AGCGluEGAA,GAGThrTACU,ACC,ACA,ACGGlyGGGU,GGC,GGA,GGGTrpWUGGHisHCAU,CACTyrYUAU,UACIleIAUU,AUC,AUAValVGUU,GUC,GUA,GUG起始AUG终止UAG,UGA,UAA技术细节起始和终止密码子蛋白质的转译从初始化密码子（起始密码子）开始 ， 但亦需要适当的初始化序列和起始因子才能使mRNA和核糖体结合 。最常见的起始密码子为AUG ， 其同时编码的胺基酸在细菌为甲醯甲硫氨酸 ， 在真核生物为甲硫氨酸 ， 但在个别情况其它一些密码子也具有起始的功能 。