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迷惑龙的头骨1915年，在犹他州发现的一具包括有头骨的恐龙化石暗示，秀丽迷惑龙的头骨应该是较长的，但是这一观点因为遭到了很多权威学者的反对，最终不了了之 。直到20世纪70年代中期，古生物学家根据大量的研究材料和发现才终于确定，秀丽迷惑龙长有着狭长扁宽的头骨和棒状的牙齿 。它们终于找回了属于自己的脑袋 。到21世纪，迷惑龙属内已经有了四个有效种，分别是：模式种埃阿斯迷惑龙（A. ajax）、秀丽迷惑龙（A. excelsus）、 路氏迷惑龙（A. louisae） 及小迷惑龙（A. parvus） 。在雷龙被併入迷惑龙属后，质疑的声音就一直存在，其中就包括着名的古生物学家罗伯特·巴克（Robert T. Bakker） 。巴克在20世纪90年代系统研究北美洲侏罗纪的大型蜥脚类恐龙时指出，雷龙很可能是有效属 。不过他的观点并没有得到同行的普遍支持 。2010年，葡萄牙新里斯本大学的伊曼纽尔·特绍普（Emanuel Tschopp）、奥克塔维奥·马特乌斯（Octavio Mateus）及英国牛津大学地球科学学院的罗杰·班森（Roger B.J. Benson）组成了一个研究团队，他们计画通过研究15年来最新发现的化石，对蜥脚亚目恐龙进行系统发育学分析 。在之后的5年时间里，研究团队无数次走访了美国和欧洲的各大博物馆，他们一次次在库房中寻找所需要的化石材料 。研究团队最终分析了81个蜥脚亚目恐龙的化石个体（其中49个属于梁龙科），总结罗列出了477个不同的生理学特徵 。在研究中，团队辨别出了迷惑龙属内不同种间的差异 。就这样，在经过充足的分析对比之后，雷龙重新成为梁龙科，梁龙亚科下的独立属 。2015年4月，来自葡萄牙和英国的古生物学家在4月7日的《Peer J》上发表了一篇名为《梁龙科的物种级系统发育分析与分类学修正》（A specimen-level phylogenetic analysis and taxonomic revision of Diplodocidae(Dinosauria, Sauropoda)）的论文，这篇长达298页的论文的核心就是，雷龙重新变成了有效属 。分类与种与梁龙、重龙同是梁龙科的成员，但迷惑龙与它们的关係较远，所以与春雷龙、原雷龙共同分类在迷惑龙亚科之下 。到21世纪迷惑龙属有了四个有效种，埃阿斯迷惑龙（A. ajax）、秀丽迷惑龙（A. excelsus）、路氏迷惑龙（A. louisae）及小迷惑龙（A. parvus） 。但是在雷龙被併入迷惑龙属后，质疑的声音就一直存在 。2015年，由于雷龙重新成为梁龙科梁龙亚科下的独立属，雷龙属下包括有三个种：秀丽雷龙、小雷龙（B. parvus）及胸饰雷龙（B.yahnahpin），迷惑龙属下包括二个种：埃阿斯迷惑龙（A. ajax）和路氏迷惑龙（A. louisae） 。埃阿斯迷惑龙
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梁龙科物种（A. ajax）：模式种，由古生物学家奥塞内尔·查利斯·马什在1877年所命名，种名是以希腊神话中的英雄埃阿斯为名 。它们为迷惑龙属的原型标本，已发现两个部份头颅骨，包含一个部份头颅骨 。路氏迷惑龙（A. louisae）：是由William Holland在1915年所命名，种名是以安德鲁·卡内基（Andrew Carnegie）的妻子Louise Carnegie女士为名，安德鲁·卡内基在美国西部发现挖掘地点以供发现完整的恐龙化石 。路氏迷惑龙的化石为一个部份头颅骨，发现于科罗拉多州 。其它种另外，A. yahnahpin是在1994年由Filla、James以及Redman等人所命名 。在1998年，罗伯特·巴克（Robert T. Bakker）将A. yahnahpin改列为原雷龙的模式种Eobrontosaurus yahnahpin 。化石为一个部分骨骸，发现于怀俄明州 。相关文化在1989年，美国邮政管理局发行了一套恐龙邮票，包含：暴龙、剑龙、无齿翼龙（被误拼为Pteradon）、以及雷龙 。美国邮政管理局宣称，虽然科学界使用迷惑龙这名称，但一般大众对于雷龙比较熟悉 。当时的雷龙还属于迷惑龙属 。补充2015年，雷龙已正名，迷惑龙亚科下有迷惑龙属和雷龙属两种，葡萄牙新里斯本大学的伊曼纽尔·特绍普（Emanuel Tschopp）、奥克塔维奥·马特乌斯（Octavio Mateu