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萧汉明教授在日本讲学《易学与中国传统医学》，中国书店2003年；《周易本义导读》，齐鲁书社2003年；《道家与长江文化》，湖北教育出版社2005年；《传统哲学的魅力》，中华书局2008年；《易苑漫步》，上海古籍出版社2010年；此外，主编、合编论文集及专着多部，发表学术论文100余篇 。主要论文《辨证法理论形态新议》，《河北学刊》2008年4期 。《朱熹与〈朱子本义〉》，《历代易学名着研究》，齐鲁书社2008年年 。《思维的网路性与市场经济的巨观调控》，《春风讲席》，中山大学出版社2008年 。《论朱震易学中的象数易》，刘大钧主编《大易集释，上海古籍2007年；岳麓书社《朱震集》序，2007年 。《论中医学的网路性思维》，河北学刊2007年3期 。《〈管子〉的卫生之经与杨朱学派的养生论》，《诸子学刊》2007创刊号，上海古籍出版社2007年 。《市场经济的网路结构与巨观调节的科学性》，湖南大学学报2007年6期 。《葛洪与黄老之学》，《道学研究》2007年1期 。.《萧氏源头考》，载萧汉明《传统哲学的魅力》，中华书局2008年 。《荆公新学与道家思想》，《哲学评论》第四辑，武汉大学出版社2006年 《汉代易学の基本的な特徵についで》，白井顺译，渡边义浩编《两汉における易と易三礼》汲古书院2006年 。《五行学说的缘起、发展与思维特徵》，载《传统哲学的魅力》，中华书局2008年 。（原为2005年在日本关西大学讲学的提纲，收入本书时略作了一些修订）《相濡以沫，不如相忘于江湖——论庄子的人性素朴论与德行修养观》，湖北大学学报（哲社版）2005年1期 。《魏源论老子为救世之书》，《当代道家与道教》，湖北人民出版社2005年；又《中国哲学与易学》，北京大学出版社2004年 。《〈周髀〉“周公与商高对话篇”、“荣方与陈子对话篇”与〈易·繫辞〉》，刘大钧主编《大易集奥》，上海古籍2004年 。《欧洲近代的科技之路不是唯一的发展向度——与杨振宁先生商榷》，《传统哲学的魅力》，中华书局2008年 。（原载杨猛《杨振宁指易经阻碍科学，众学者质疑》，《北京科技报》2004年9月22日 。）《庄生之说可因以通君子之道——论王夫之的〈庄子解〉与〈庄子通〉》，《中国哲学史》2004年1期 。《〈淮南鸿烈〉与黄老思潮的终结》，《人文论丛（2002年卷）》，武汉大学出版社2004年 。《论嵇康的“越名教而任自然”》，《人文与社会》，上海社科院出版社2004年 。《道学初创》，《中国哲学史》（下册），人民出版社2004年 。《庄子养生论思想的阶段性考察》，《道学研究》2004年6月 。《虞翻易学与〈周易参同契〉》，刘大钧主编《象数易学研究》，巴蜀书社2003年 。《论〈鹖冠子〉的素皇内帝之法》，《江汉论坛》2003年3期 。《论庄子的内圣外王之道》，《武汉大学学报》（人文科学版）2003年1期 。《苏秦生平考略》，丁四新主编《楚地出土简帛文献研究》（第二辑），湖北教育出版社2003年 。《李白与道家》，《思想与文化》，华东师範大学出版社2003年 。《老子的社会历史观与治国思想》，《湖南大学学报》（社会科学版）2002年4期 。《马王堆四篇古佚书与黄老思潮》，丁四新主编《楚地出土简帛文献研究》，湖北教育出版社2002年 。《中国传统文化研究现状及其与西方文化的互动问题》，载《传统哲学的魅力》 。（本文原为2001年华东师範大学国际学术会议发言提纲）《从传统文化看生存质量测定量表》，《生存哲学研究通讯》2001年1月 。《〈太一生水〉的宇宙论与学派属性》，《学术月刊》2001年12期 。《老子道德论中的宇宙发生与演化学说》，《湖南大学学报》（社会科学版）2001年3期 。《论庄子的性命说与道性二重观》，《人文论丛》特辑，湖北人民出版社2000年 。《关于“阳有余，阴不足”之辨》，《南京中医药大学学报》（社科版）2000年2期 。《论〈京氏易传〉与后世纳甲筮法的文化内涵》，《周易研究》2000年2期 。《三代礼教的崩溃与人文精神的勃兴——兼论中国哲学的缘起》，《珞珈哲学论坛》第四辑，湖北人民出版社2000年 。《论〈参同契〉的内丹术》，《道韵》中华大道文化事业股份有限公司（台）2000年3期 。《〈周易参同契〉非伪书辨》，《福建道教》2000年2期 。《唐五代三种注〈契〉之作的外丹术异同合论》，《世界宗教研究》1998年4期 。《五行学说的近代遭遇及现代诠释》，《人文论丛》（1998年卷），武汉大学出版社1998年 。《魏伯阳及相关人物生平考》，《上海道教》1998年4期 。《医〈易〉会通与文化进化论——与李申兄再商榷》，《周易研究》1997年1期 。《论阴阳家》，《中国哲学与伦理学》，辅仁大学出版社1997年 。《五脏模型与河图五行数》，载《象数易学研究》，齐鲁书社1997年8月 。《太极，科学与伪科学》，（比利时）《太极科学》1997年6期 。《周敦颐〈周濂溪集〉》，《塑造中国文化的200本书》，武汉大学出版社1997年 。《〈周易参同契〉的易学特徵》，《道家文化研究》（第11辑），三联1997年 。《论参同契的外丹术》，萧汉明、郭东升，《道家文化研究》（第11辑） 。《论俞琰易学中的道教易》，载《道家文化研究》（第11辑） 。《濂溪易学与北宋中期的政治改革》，《国际易学研究》第二辑 。《兵家的阴阳五行观与兵阴阳家》，《珞珈哲学论坛》（第一辑），武汉大学出版社1996年 。《河图·易数·思维形式》，台湾《中华易学》1996年3期 。《关于河图、洛书问题——答李申兄》，《周易研究》1995年4期 。《关于〈易传〉的学派属性问题——兼评陈鼓应〈易传与道家思想〉》，《哲学研究》1995年8期 。《王船山贫乏的天文知识及其追求实证的时代倾向》，《船山学刊》1995年1期 。《五行方位的板块结构及其动态运作》，《中国智慧透析》，华夏出版社1995年 。《论运气学说的思维框架》，《羑里易学》第一卷第七辑，中州古籍出版社1995年 。《张介宾医学哲学简论》，《明代思想与中国文化》，安徽人民出版社1994年 。《河图·五行·图象语言》，《不尽长江滚滚来——中国文化的昨天、今天与明天》，东方出版社1994年 。《医〈易〉会通之我见——兼与李申兄商榷》，《周易研究》1994年4期 。《太阳神话、太阳神崇拜与阴阳学说》，《贵州社会科学》1994年1期 。《易学与医学》，朱伯昆主编《易学基础教程》，广州出版社1993年 。《王船山与中国传统哲学的终结》，《船山学论》（《船山学刊》增刊）1993年10期 。《〈孙子兵法〉是一部系统工程学》，《孙子学刊》1993年2期 。《周易的动态理论与中医学》，《大道之源》，湖南师範大学出版1993年 。《易象简论》，《大道之源》，湖南师範大学出版1993年 。《论〈周易参同契〉的宇宙模型》，陈鼓应主编《道家文化研究》第2辑，上海古籍1992年 。《论〈周易参同契〉的人体生命模型》，《中国文化月刊》1991年7月.《〈杂卦〉论》，《周易研究》1988年2期 。《论〈参同契〉人体生命动态模型》，《宗教学研究》1988年1期 。《王夫之论卦象、卦德与卦序》，《齐鲁学刊》1987年5期 。《论〈易纬〉与中医气象医学》，《江汉论坛》1987年5期 。《试论王船山的易学体系》，唐明邦等编《周易纵横录》，湖北人民出版社1986年 。《观射父——春秋末期楚国宗教思想家》，《江汉论坛》1986年5期 。《论船山社会学说中的启蒙特徵》，《船山学刊》1986年3期 。《论〈周易〉的哲学思想与爻性爻位的关係》，《武汉大学学报（社科版）》1985年5期 。《王夫之论〈易〉与象》，《江汉论坛》1984年3期 。《絪蕴发微》，《王夫之辩证法思想引论》，湖北人民出版社1984年5月 。《王夫之矛盾观中的几个问题》，《武汉大学学报（社科版）》1982年2期 。《论中国古史上的两次“绝地天通”》，《世界宗教研究》1981年3期 。