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美国佛罗里达州水华防控措施打捞在夏季高温季节，可将水面或港湾中大量堆积的水华通过人工或机械的方式打捞出来，进行处置上 。现在市场上有各种各样的打捞船，集打捞、脱水、储运于一体 。如何对打捞的蓝藻进行资源化也是一大难题 。絮凝除藻可通过黏土絮凝来控制有害藻华 。近年通过对黏土表面进行改性的方法，製备出了高效的改性黏土，使对有害藻华的控制效率得到了大幅提升 。粘土将蓝藻沉澱下去后，也有引发二次污染的风险，在饮用水源地附近的使用需格外谨慎 。生物控藻可以通过放养滤食性（filter-feeding）鱼类——鲢、鱅来控制蓝藻水华，也称之为非经典生物操纵技术（non-traditional biomanipulation） 。每个水体都需寻找一个合适的能有效控制藻类水华的鲢、鱅生物量的临界阀值，鲢、鱅对藻类的摄食利用率与藻类的种类组成和生理状况、其他可利用食物(如浮游动物)的相对丰度、水温等有密切关係，而藻类的增殖速率与光照、水温及水体的营养水平等有密切关係 。
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