同光二年(925年)，后唐庄宗任命王子魏王李继岌为都统，郭崇韬为招讨使，自洛阳出兵四进成都，仅用了75天就平定巴蜀 。李继岌名为西南行营都统，但郭崇韬望高权重，实际上全军都受他指挥 。宦官李从袭协助李继岌争权，洛阳的宦官向后唐庄宗和皇后进谗言，庄宗疑信参半，但刘皇后却自出密令交马彦珪，命李继岌杀死郭崇韬 。926年年正月，宦官马彦珪至蜀，与李从袭等合谋，以魏王的名义召见郭崇韬，伏兵击杀郭崇韬及子 。马彦珪回洛阳后，大讲特讲郭崇韬罪大恶极 。庄宗大怒，遍诛郭崇韬诸子及女婿 。
孟知祥于公元934年在成都称帝，国号蜀，史称后蜀，962年11月，宋太祖命忠武节度使王全斌为主帅，率兵骑六路大军分路阀蜀主，节节进取，自宋军发兵汴京，到后蜀末帝归降，共66天 。他入成都后，纵兵掳掠，残杀无辜，激起蜀中军民反抗，降为崇义军节度观察留后，976年复为武宁军节度使，同年莫名病逝 。
蒙古军队纵横欧亚，却对坐拥长江天险南宋王朝无计可施 。公元1234年始蒙古多次攻四川，泸州、合州是蜀人仅存的避风港 。1258年4月，蒙古大汗蒙哥在合州钓鱼城遭遇了入蜀以来最顽强的抵抗，先锋汪德臣为宋军击伤，死于军中;大汗蒙哥亲自督战，不意为炮击伤，不久病故，纵横欧亚的蒙古铁军只得无功而反 。
元顺帝末年，各地农民的爆发反元起义 。明玉珍1352年入红巾军，被徐寿辉任命为统军元帅，后升统兵都元帅 。1357年奉命西征，首定夔、万，进兵重庆，相继平定川东诸州县并克汉中兴元，击败元兵 。1363年，明玉珍在重庆称帝，国号大夏，改元天统 。1366年，明玉珍病逝，其子明升年幼(十岁)继位 。1371年，朱元璋派大将汤和、傅友德分兵取蜀，明升奉表投降，明升后来被送到朝鲜才幸免于难 。
傅友德骁勇无敌，战功卓著洪武二十五年(1393)，傅友德向朱元璋请田被驳又因蓝玉案感慨，朱元璋隐忍不发 。1395年11月，朱元璋召集大型宴会，以守卫傅友德的儿子傅让没按规定佩带剑囊而发作，傅友德准备替爱子辩解，遭朱元璋厉声斥责：“干脆把你儿子的首级带过来吧!”傅友德被逼杀子后当场自刎 。朱元璋传旨将傅友德抄家，全部发配云南，只留下了傅忠的儿子(朱元璋的外孙) 。
明崇祯三年(1630)，张献忠在陕西延安起义，1644年十月张献忠攻陷成都称帝，建立大西政权，张献忠杀人手法极端残忍，“剿四川,鸡犬不留” 。清军入川，张献忠仓皇屠城后逃跑，被清将雅布兰射死在新津的凤凰山 。
爱新觉罗豪格，清肃武亲王，清太宗皇太极长子 。顺治三年(1646年)，豪格和吴三桂率清军由陕南入川，顺利平灭张献忠的大西军 。而豪格素与睿亲王多尔衮不合，皇太极死后，豪格争帝位未果，虽颇多战功，但受多尔衮打压 。顺治五年，因隐瞒其部将冒功及起用罪人之弟的罪名被下狱，当年三月死去，年仅三十九岁，《清史》说他死时已经发疯数月 。一说豪格是在庆功会上酒醉被弓弦勒死或刺客杀死 。
吴三桂初为明臣，降李闯后因其受妾陈园园被夺而冲发一怒为红颜，打着“复君父之仇”为名降清 。1648年，清以吴三桂西征，四川和西南的的朱明及张献忠余部均被其斩尽杀绝 。康熙削藩，吴三桂铤而走险起兵造反，自号“周王天下都招讨兵马大元帅”，康熙于1674年3月在北京对吴三桂的儿子吴应熊和孙子吴世霖处以绞刑，吴三桂闻之面如死灰 。1676年清廷开始反攻，吴军的败局无法挽回 。1678年3月，吴三桂在衡州称帝，建国号周，改元“昭武”，但并未带来什么好运，叛军仍然败仗连连，8月吴三桂气死 。1681年10月，昆明城内粮尽援绝，吴世璠自杀，吴三桂族灭 。