病毒病：病毒病是秋番茄的主要病害，发病时叶片上出现黄绿相间深浅相间条纹斑，叶脉透明，病株较健壮，略矮，叶片变小，叶面皱缩，中部销突起，边缘多向下或向上卷起，果实出现条形病斑 。蚜虫是秋番茄病毒病传播的主要媒介，因此在防治病毒病的同时必须防治蚜虫 。
晚疫病：从从下部叶尖或叶缘开始发病，初为暗绿色水浸状不整形病斑，扩大后转为褐色 。果实染病主要发生在青果上，病斑初呈油浸状暗绿色，后变为暗褐色，销凹陷，边缘明显，云纹不规则，果实一般不变软，湿度大时其上长白霉 。
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