第三阶段:临床医学阶段(含见习)，四个学期，在我校临床学院学习 。
第四阶段:临床实习和科研训练，四个学期，其中毕业前8个月是科研训练的时间 。在博士生导师的指导下，必须独立完成一个科研项目，并通过答辩 。
协和医学院临床医学专业毕业证书、学位证书上盖有“清华大学”和“北京协和医学院”的公章 。在清华生命科学学院学习两年半可以获得清华大学学士学位 。
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