鲸鱼的身体结构和生活习性明显不同于任何哺乳动物,所以很早就被列为目 。它的祖先和进化史一度存在争议,但随着相关研究的不断进展,已经完全确认鲸目动物是在5000万年前进入水中后由陆生偶蹄动物进化而来的 。DNA测序显示,鲸类和河马是姐妹群,它们的分支和反刍动物是姐妹群 。为了防止偶蹄类动物成为联合群,目前的分类将鲸类动物归为偶蹄类动物,降级为鲸目动物 。
为了适应水下环境,鲸鱼的前肢进化成了鳍,后肢退化,产生了水平的尾鳍 。当鼻孔移至头顶时,需要每隔一段时间接触到水,以替代氧气 。没有耳廓,但是听力极好 。
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