宋元时期
公元1001年(宋朝咸平四年)、公元1010(大中祥符三年)、公元1013年(大中祥符六年)、公元1017年(天禧元年)、1021年(天禧四年)、公元1024年(天圣二年)、公元1029年(天圣七年)、公元1031年(天圣九年)、公元1037年(景祐四年)、公元1071(宁熙四年)、公元1072年(宁熙五年)、公元1096年(绍圣三年) ， 龟兹前后遣使朝贡十二次 。
公元11世纪末 ， 回鹘的喀喇汗王朝改宗伊斯兰教 ， 对西域诸佛国发起了旷日持久的“圣战” 。公元14世纪 ， 改宗伊斯兰的察合台汗秃黑鲁帖木儿对龟兹的佛教教徒进行了残酷的迫害 ， 对佛教文化进行了毁灭性的破坏 。佛教寺院庙宇被拆毁 ， 佛像被捣毁 ， 佛教经典文献被焚烧 ， 佛教教徒被屠杀 ， 具有千余年历史的龟兹佛教文化被破坏殆尽 。当地佛教僧侣或被迫接受伊斯兰教 ， 或逃往异国他乡 ， 或抗拒被杀 。

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